《盗墓笔记》共有四大谜团至今依旧没有给出大家答案。
谜团一：曾经出现过的与吴邪长相如出一辙的人究竟是谁？
谜团二：那扇青铜大门之后究竟隐藏着怎样的秘密，张起灵在里面到底经历过什么事情？
谜团三：真正的吴三省究竟是死是活，如果活着，他又在哪里？
谜团四：青铜树中出现的吴邪发小老痒究竟是何许人也？
神话故事不管科学技术多么发达，都会产生。
人类世世代代对美好生活的追求和梦想将伴随着人类产生、发展和最终结束。
我们人类通过对神话故事向往，时刻为神话为源头的梦想而赴汤蹈火，奋斗不息。
从中国古典文化典籍的故事中，可以感受到人类进化和进步的过程中，在与大自然环境的生存拼搏中，难以解释又难以跨过的坎，通过丰富的想象力，以神话故事的形式来激发人的生存欲望，并以创造性的行为将神话变为现实。从古老“夸父追日、女媧补天，盘古开天、蟐蛾奔月”等神话，到后来的“封神榜，西游记”等，这些神话经典无不遵循着人类从神话梦想到梦想成真的人类进步脉络。
現代人类的的生活环境都有古代人类神话梦想的影子，航天登月工程、核武器、飞机、长眼的导弹等举不胜数，可以毫不夸张的说，今天的人类，胜过古代的神仙。
我断定，随着科学技术的不断进步，人类的神话故事会越丰富，表达的梦想会越超前，当代常盛不衰的科幻电影，游戏，书籍都己证明。科学的发达需要神话故事做为精神助推剂的，今天人们的后代，未来就是当代神话、科幻故事里超人和神仙。
吴邪戴上了三叔的人皮面具，以三叔的身份整顿了三叔在长沙的产业，三叔手下盘口的马仔无不归顺。吴邪、潘子和小花等人兵分三路，从杭州、长沙和北京出发前往广西。在广西巴乃的村寨中，吴邪假扮的三叔再遇裘德考的队伍，并见到了一个肩膀融化垮塌的鬼影。他们发现，这个鬼影就是三十年前张家古楼考古队的队员，名叫张起灵！
鬼影是解开这一切 秘密的 钥匙吗？在鬼影的 推动下，他们 终于 深入这 苍茫 诡异群山中的巨大秘密——在群山中有一群以食人为生的密洛陀，前往古楼密境的通道在它们的遏阻下凶险万分，波诡云谲！
吴邪和胖子终于进入了张家古楼，他们能救回闷油瓶吗？关于三十年前的那支考古队，他们又将有怎样的 发现？
一切的一切，尽在《 盗墓笔记》。够胆量就看盗墓笔记！
鬼影是解开这一切秘密的钥匙吗？在鬼影的推动下，他们终于深入这苍茫诡异群山中的巨大秘密——在群山中有一群以食人为生的密洛陀，前往古楼秘境的通道在它们的遏阻下凶险万分，波诡云谲！
张起灵（小哥）的身世：张家只有拥有“麒麟血”的人才能成为张起灵，《盗墓笔记》提到，小哥（闷油瓶）就是末代张家族长。
密洛陀：巴乃玉脉，里面有合成生命的物质。自古居于此地的瑶族，发现了这个玉脉的秘密。他们的密洛陀古歌，描述的就是玉脉这种“造人”的功能。所谓造人，并不是凭空而造，而是要有一些重要的生命体片段。
铁块：其实铁块就是用来封死它们的！这些复制人身上的“妖异”之气，更让瑶人将之看做妖怪。在复制人完成特定任务后，立即用铁佣封死。
南派三叔是 徐磊的网名。浙江 嘉善人，现居 杭州，曾就读于 嘉善高级中学，毕业于 浙江树人大学。之前在网络上做过的事情多了， 基本上是靠 网络吃饭，唯独没敲过字， 生活 经历极度 无聊。大学之前属于 隐形人物， 严重口吃， 几乎不敢和人 说话，大学（浙江树人大学）之后突然好了，竟然还去参加 辩论赛。白天全部时间放在生意上，写作放在晚上。 休闲就是看看杂书，什么书都看， 字典都一个字一个字看完，不一定会一直写作，但是起码会把一本写完。三叔是个 职业“坑神”，因为其成名作《盗墓笔记》系列各种天坑不绝于目。事先挖好，事后又不及时填坑， 导致其作品 结尾时出现及其多 漏洞及未解之谜。然而在后续的其他故事（如《藏海花》、《沙海》等小说中）人物 性格突然 转变，却无 合理 解释，也着实应证了其“坑神”的 头衔。
《盗墓笔记》中最大的谜团主要是终极的秘密和小哥的身世，其实二者是一个问题，都是由长生秘密衍生出来的，真假三叔、齐羽等故事线都以终极为主，因为觊觎长生做了手脚，导致了长达数千年的错误。
按照时间线来讲，很久很久之前，外星球有块陨石（也可以说是飞行器）坠落地球，外星生物也就是所谓的“伏羲氏”，当时伏羲氏已经掌握了长生的秘密，并在地球上繁衍生息。
1，终极是什么？
整部书都贯穿这终极，但是到底终极是什么？
2，吴邪和齐羽。
书中说，齐羽很早就死去，但是主角吴邪之前少年的记忆缺失，字迹和齐羽很像，这两个人之间，到底有什么关联？
3，三叔去了哪里？
越看到最后，越觉得三叔不可能死，肯定是藏起来了，藏到哪里了？
4，进去陨石露出一张脸的是陈文锦还是西王母？
陈文锦还会活着吗？还是西王母的长生起了作用，复活了？
5，当年从张家古楼带出的尸体是谁？
为什么要带出去，又为什么用铁封起来？
6，考古队想要放进张家古楼的尸体身份？
已经是尸体，放进张家古楼是想要复生吗？还是有别的用意？
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